Ambientada en el Japón del siglo XVIII,áLos tres secretos del samurái cuenta la historia de Tomiko, quien, siendo apenas una adolescente,ámarcha de su casa con el propósito de librar a su hermana pequeña de un matrimonio de conveniencia con un hombre aborrecible.En su camino, la muchacha encuentra a seres mágicos que se ofrecen a ayudarla, aunque a cambio de un alto precio. Para salvar a su hermana,ála joven decide ponerse a su merced, renunciaráa su identidad y convertirse en Susanô, el samuráiádel dragón. Como guerrero, Tomiko vivirá innumerables aventuras y conocerá a dos hombres que marcarán su destino: el valiente Shuzaiáy Hanzaburo, el hijo del zorro.